El método clínico cuyos principios se desarrollan a partir del método científico no es más que la aplicación de este método a la atención individual de enfermos. La importancia que para el diagnóstico tienen las habilidades clínicas, a saber, el interrogatorio y el examen físico se ha demostrado a través de los años por muchos y renombrados autores.

El método clínico es el proceso o secuencia ordenada de acciones que los médicos han desarrollado para generar su conocimiento desde el comienzo de la era científica.

Es el método científico aplicado a la práctica clínica; es el orden recorrido para estudiar y comprender el proceso de salud y de enfermedad de un sujeto en toda su integridad social, biológica y psicológica. Al aplicar el método clínico se está elaborando y construyendo el conocimiento médico. Conocimiento que tiene una connotación histórico-social, dado que el "proceso de conocer" depende del tiempo y el espacio de una sociedad. De esta manera, en el interior de cada sociedad se van desarrollando diversos saberes acerca de todos los aspectos que preocupan al hombre. Este método aplicado a la Naturopatía es de vital importancia para el desarrollo de planes terapéuticos personalizados mediante el análisis del origen y la evolución de las patologías.